益生元
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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅益生元。
预处理工具寡核苷酸阵列。
Bioconductor版本:2.14
一个包分析寡核苷酸阵列(表达式/ SNP /瓷砖/外显子)probe-level。它目前支持Affymetrix(玻璃纸文件)和罗氏数组(xy文件)。
作者:Benilton卡瓦略和拉斐尔·伊。Ben Bolstad贡献者:文森特•凯里沃尔夫冈•休伯哈里斯贾菲,吉姆麦克唐纳,马特落定
维护人员:Benilton卡瓦略< beniltoncarvalho gmail.com >
安装
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite(“益生元”)
文档
细节
| biocViews |
DataImport,DifferentialExpression,ExonArray,GeneExpression,微阵列,OneChannel,预处理,单核苷酸多态性,软件,TwoChannel |
| 版本 |
1.28.3 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.0 (r - 2.5)(9年) |
| 许可证 |
LGPL (> = 2) |
| 取决于 |
R (> = 2.15.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),oligoClasses(> = 1.24.0),Biobase(> = 2.17.8),Biostrings(> = 2.25.12) |
| 进口 |
affyio(> = 1.25.0),affxparser(> = 1.29.11),BiocGenerics(> = 0.3.2),DBI(> = 0.2 5),ff、图形的方法,preprocessCore(> = 1.19.0),样条函数、统计stats4,跑龙套,zlibbioc |
| 链接 |
preprocessCore |
| 建议 |
hapmap100kxba,pd.mapping50k.xba240,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hg18.60mer.expr,pd.hugene.1.0.st.v1,maqcExpression4plex,genefilter,limma,RColorBrewer,oligoData,RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
ff,doMC,doMPI |
| URL |
|
| 取决于我 |
斜体,oligoData,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.ag,pd.aragene.1.0.st,pd.aragene.1.1.st,pd.atdschip.tiling,pd.ath1.121501,pd.barley1,pd.bovgene.1.0.st,pd.bovgene.1.1.st,pd.bovine,pd.bsubtilis,pd.cangene.1.0.st,pd.cangene.1.1.st,pd.canine,pd.canine.2,pd.celegans,pd.charm.hg18.example,pd.chicken,pd.citrus,pd.cotton,pd.cyngene.1.0.st,pd.cyngene.1.1.st,pd.cyrgene.1.0.st,pd.cyrgene.1.1.st,pd.cytogenetics.array,pd.drosgenome1,pd.drosophila.2,pd.e.coli.2,pd.ecoli,pd.ecoli.asv2,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.1.st,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.hc.g110,pd.hg.focus,pd.hg.u133.plus.2,pd.hg.u133a,pd.hg.u133a.2,pd.hg.u133a.tag,pd.hg.u133b,pd.hg.u219,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.hg.u95b,pd.hg.u95c,pd.hg.u95d,pd.hg.u95e,pd.hg18.60mer.expr,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.ht.hg.u133a,pd.ht.mg.430a,pd.hu6800,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.hugene.2.0.st,pd.hugene.2.1.st,pd.maize,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.medicago,pd.mg.u74a,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c,pd.mg.u74cv2,pd.mirna.1.0,pd.mirna.2.0,pd.mirna.3.0,pd.mirna.3.1,pd.moe430a,pd.moe430b,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mogene.2.0.st,pd.mogene.2.1.st,pd.mouse430.2,pd.mouse430a.2,pd.mu11ksuba,pd.mu11ksubb,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.ovigene.1.0.st,pd.ovigene.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.plasmodium.anopheles,pd.poplar,pd.porcine,pd.porgene.1.0.st,pd.porgene.1.1.st,pd.rae230a,pd.rae230b,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pd.ragene.2.0.st,pd.ragene.2.1.st,pd.rat230.2,pd.rcngene.1.1.st,pd.rg.u34a,pd.rg.u34b,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.1.st,pd.rhesus,pd.rice,pd.rjpgene.1.1.st,pd.rn.u34,pd.s.aureus,pd.soybean,pd.soygene.1.1.st,pd.sugar.cane,pd.tomato,pd.u133.x3p,pd.vitis.vinifera,pd.wheat,pd.x.laevis.2,pd.x.tropicalis,pd.xenopus.laevis,pd.yeast.2,pd.yg.s98,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.1.st,pd.zebrafish,pdInfoBuilder,彪马,pumadata,SCAN.UPC,waveTiling |
| 进口我 |
魅力,cn.farms,frma,斜体 |
| 建议我 |
BiocGenerics,fastseg,frmaTools,hapmap100khind,hapmap100kxba,hapmap500knsp,hapmap500ksty,hapmapsnp5,hapmapsnp6,maqcExpression4plex |
| 构建报告 |
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