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这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅easyRNASeq。

数为RNA-Seq数据汇总和规范化。

Bioconductor版本:2.14

计算的覆盖率对基因组高通量short-reads参考和总结每特性感兴趣(如外显子、基因、成绩单)。数据规范化的“RPKM”或“DESeq”或“刨边机”包。

作者:尼古拉•Delhomme Ismael Padioleau Bastian Schiffthaler

维修工:尼古拉斯Delhomme < Delhomme在embl.de >

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PDF	R脚本	easyRNASeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,预处理,RNASeq,软件
版本	2.0.8
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase(> = 2.24.0),BiocGenerics(> = 0.10.0),biomaRt(> = 2.20.0),Biostrings(> = 2.32.1),DESeq(> = 1.16.0),刨边机(> = 3.6.6),genomeIntervals(> = 1.20.1),GenomicAlignments(> = 1.0.2中),GenomicRanges(> = 1.16.3)、图形IRanges(> = 1.22.9),迷幻药(> = 2.5),方法,平行,Rsamtools(> = 1.16.1),ShortRead(> = 1.22.0),跑龙套
链接
建议	BiocStyle(> = 1.2.0),BSgenome(> = 1.32.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.1000),GenomicFeatures(> = 1.16.2),RnaSeqTutorial(> = 0.2.0),RUnit(> = 0.4.26)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RnaSeqTutorial
进口我
建议我	SeqGSEA
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	easyRNASeq_2.0.8.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.0.8.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	easyRNASeq_2.0.8.tgz
Mac OS X 10.9(小牛)	easyRNASeq_2.0.8.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/easyrnaseq/tree/release - 2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据