要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“deepSNV”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见deepSNV.
Bioconductor版本:2.14
该包提供了一个定量变体调用器,用于检测超深(>=100x覆盖率)测序实验中的亚克隆突变。deepSNV算法用于与相同位点的对照实验进行比较设置,并使用β -二项式模型和似然比检验来区分测序错误和亚克隆snv。新的shearwater算法(beta)计算基于beta-二项式模型的贝叶斯分类器,用于多个样本的变量调用,用于精确估计模型参数,如局部错误率和离散度和先验知识,例如来自COSMIC等变量数据库。
作者:Moritz gersting和Niko Beerenwinkel
维护者:Moritz gersting < Moritz。gersting在sanger.ac.uk>
引文(从R内,输入引用(“deepSNV”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“deepSNV”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“deepSNV”)
R脚本 | 在深度测序实验中检测低频变异的R包 | |
R脚本 | 亚克隆变异呼叫多个样本和先验知识使用shearwater | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,GeneticVariability,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(4年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 2.13.0),Rsamtools(> = 3),GenomicRanges,IRanges,Biostrings,VGAM、方法、图形、VariantAnnotation(>= 1.5.0),平行 |
进口 | Rsamtools |
链接 | Rsamtools |
建议 | RColorBrewer,knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.cbg.ethz.ch/software/deepSNV |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | GenomicFiles |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | deepSNV_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | deepSNV_1.10.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | deepSNV_1.10.0.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | deepSNV_1.10.0.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/deepSNV/tree/release-2.14 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/ |
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