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此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见VariantAnnotation．

遗传变异的注释

Bioconductor版本:2.14

注释变体，计算氨基酸编码变化，预测编码结果

作者:Valerie Obenchain, Martin Morgan, Michael Lawrence, Stephanie Gogarten撰稿。

维护者:Valerie Obenchain < vbencha at fhcrc.org>

安装

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文档

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browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF	R脚本	filterVcf概述
PDF	R脚本	VariantAnnotation介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，Homo_sapiens，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.10.5
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.8.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.7.7),GenomicRanges(> = 1.13.51),Rsamtools(> = 1.15.5)
进口	IRanges(> = 1.21.43),XVector，Biostrings(> = 2.31.19),Biobase，AnnotationDbi(> = 1.17.11),zlibbioc，BSgenome，GenomicFeatures(> = 1.15.15),DBI跑龙套,rtracklayer
链接	IRanges，XVector，Biostrings，Rsamtools
建议	RUnit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，snpStats，ggplot2，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	ampliQueso，cgdv17，CNVrd2，deepSNV，ensemblVEP，HTSeqGenie，PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131，SIFT.Hsapiens.dbSNP132，SIFT.Hsapiens.dbSNP137，VariantTools
进口我	biovizBase，COSMIC.67，customProDB，FunciSNP，ggbio，GGtools，gmapR，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138，R453Plus1Toolbox，Rariant，SeqArray，SomaticSignatures，VariantFiltering
建议我	GenomicRanges，GWASTools，三人组，vtpnet
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	VariantAnnotation_1.10.5.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.10.5.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	VariantAnnotation_1.10.5.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	VariantAnnotation_1.10.5.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/VariantAnnotation/tree/release-2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
软件包下载报告	下载数据