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此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见SplicingGraphs．

创建，操作，可视化拼接图，并分配RNA-seq读取他们

Bioconductor版本:2.14

这个包允许用户基于给定生物的基因模型创建、操作和可视化拼接图及其气泡。此外，它允许用户将RNA-seq读取到一组拼接图的边缘，并以不同的方式总结它们。

作者:D. Bindreither, M. Carlson, M. Morgan, H. Pages

维护:H. Pages

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“SplicingGraphs”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SplicingGraphs”)

PDF	R脚本	拼接图和RNA-seq数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，DataRepresentation，GeneExpression，遗传学，RNASeq，测序，软件，可视化
版本	1.4.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics，IRanges(> = 1.17.43),GenomicRanges(> = 1.15.12),GenomicFeatures，GenomicAlignments(> = 1.0.3),Rgraphviz(> = 2.3.7)
进口	方法,跑龙套,igraph，BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomicAlignments，图，Rgraphviz
链接
建议	igraph，Gviz，Rsamtools，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	SplicingGraphs_1.4.1.tar.gz
Windows二进制	SplicingGraphs_1.4.1.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SplicingGraphs_1.4.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	SplicingGraphs_1.4.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/SplicingGraphs/tree/release-2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs/
软件包下载报告	下载数据