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此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见ShortRead．

FASTQ输入和操作

Bioconductor版本:2.14

这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该包包含过滤和修改读取以及生成质量评估报告的功能。数据被表示为dnastringset派生的对象，并且很容易为各种目的进行操作。这个包还包含了对早期单端、无捕获对齐格式的遗留支持。

作者:马丁·摩根，迈克尔·劳伦斯，西蒙·安德斯

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“ShortRead”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ShortRead”)

PDF	R脚本	ShortRead简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，质量控制，测序，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 2.3 (R-2.8)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics(> = 0.1.0),BiocParallel，Biostrings(> = 2.31.14),Rsamtools(> = 1.13.1),GenomicAlignments(> = 0.99.6)
进口	Biobase，GenomicRanges(> = 1.15.26),IRanges(> = 1.21.22),hwriter、方法、zlibbioc，晶格，latticeExtra
链接	IRanges，XVector，Biostrings
建议	BiocStyle，RUnit，biomaRt，GenomicFeatures，yeastNagalakshmi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	Basic4Cseq，chipseq，ChIPseqR，EatonEtAlChIPseq，EDASeq，girafe，HTSeqGenie，诊断，OTUbase，Rolexa，rSFFreader，segmentSeq
进口我	ArrayExpressHTS，击败，chipseq，ChIPseqR，ChIPsim，easyRNASeq，哥特，诊断，OTUbase，QuasR，R453Plus1Toolbox，Rolexa，rSFFreader，RSVSim
建议我	CSAR，DBChIP，Genominator，HiCDataLymphoblast，图片，平，Repitools，RnaSeqTutorial，Rsamtools，yeastRNASeq
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	ShortRead_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	ShortRead_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ShortRead_1.22.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	ShortRead_1.22.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/ShortRead/tree/release-2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ShortRead/
软件包下载报告	下载数据