##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见Rsamtools．

二进制对齐(BAM)、变量调用(BCF)或tabix文件导入

Bioconductor版本:2.14

这个包提供了一个接口到'samtools'， 'bcftools'和'tabix'实用程序(见' license ')，用于操作SAM(序列对齐/映射)，二进制变量调用(BCF)和压缩索引制表符分隔(tabix)文件。

作者:Martin Morgan, Herv\'e Pag\ ' es, Valerie Obenchain

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“Rsamtools”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“Rsamtools”)

PDF	R脚本	Rsamtools的介绍
PDF	R脚本	使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，测序，软件
版本	1.16.1
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	artist -2.0 |文件许可
取决于	方法,IRanges(> = 1.21.10),GenomicRanges(> = 1.15.11),XVector(> = 0.3.2),Biostrings(> = 2.31.3),GenomeInfoDb(> = 0.99.17)
进口	跑龙套,BiocGenerics(> = 0.1.3),zlibbioc，bitops
链接	IRanges，XVector，Biostrings
建议	GenomicAlignments，ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，KEGG.db，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，pasillaBamSubset，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
全靠我	ArrayExpressHTS，BitSeq，嵌合体，CNVrd2，CoverageView，deepSNV，EDASeq，exomeCopy，exomePeak，GenomicAlignments，GenomicFiles，ggtut，girafe，leeBamViews，MMDiff，oneChannelGUI，qrqc，r3Cseq，Rcade，ReQON，rfPred，RIPSeeker，rnaSeqMap，ShortRead，TBX20BamSubset，TEQC，VariantAnnotation
进口我	AllelicImbalance，annmap，ArrayExpressHTS，biovizBase，BSgenome，篮球选手，卡斯珀，CexoR，ChIPQC，cn.mops，customProDB，deepSNV，DEXSeq，dna，easyRNASeq，FunciSNP，GenomicAlignments，ggbio，GGtools，gmapR，Gviz，gwascat，h5vc，HTSeqGenie，LungCancerLines，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MEDIPS，图片，QDNAseq，QuasR，R453Plus1Toolbox，Rariant，Repitools，rtracklayer，trackViewer，TransView，VariantFiltering，VariantTools
建议我	AnnotationHub，BaseSpaceR，biomvRCNS，DESeq2，DiffBind，计，GenomicFeatures，GenomicRanges，ind1KG，metaseqR，parathyroidSE，QuasR，RnaSeqTutorial，seqbias，SigFuge，SplicingGraphs，彩带
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	Rsamtools_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.16.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Rsamtools_1.16.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	Rsamtools_1.16.1.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/Rsamtools/tree/release-2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
软件包下载报告	下载数据