要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MMDiff”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见MMDiff.
Bioconductor版本:2.14
该包检测了不同ChIP-Seq样本中读富集配置文件之间的统计显著差异。为了利用形状差异,它使用了核方法(最大平均差异,MMD)。
作者:Gabriele Schweikert
维护者:Gabriele Schweikert
引文(从R内,输入引用(“MMDiff”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“MMDiff”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“MMDiff”)
R脚本 | 使用“MMDiff”包分析ChIP-Seq数据 | |
参考手册 |
biocViews | ChIPSeq,MultipleComparison,软件 |
版本 | 1.4.1 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(3年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.14.0),GenomicRanges平行,DiffBind,GMD,Rsamtools |
进口 | GenomicRanges,IRanges,Biobase |
链接 | |
建议 | MMDiffBamSubset |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | MMDiffBamSubset |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | MMDiff_1.4.1.tar.gz |
Windows二进制 | MMDiff_1.4.1.zip |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | MMDiff_1.4.1.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | MMDiff_1.4.1.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/MMDiff/tree/release-2.14 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MMDiff/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |