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此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见Gviz．

沿着基因组坐标绘制数据和注释信息

Bioconductor版本:2.14

基因组数据分析需要已知基因组信息和新的实验数据的集成可视化。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包对Ensembl和UCSC执行实时注释查询，并将其转换为网格图形包的视口中的基因/转录本结构。这将导致基因组信息与您的数据一起绘制。

作者:Florian Hahne, Steffen Durinck, Robert Ivanek, Arne Mueller, Steve Lianoglou, Ge Tan < Ge。Tan09在imperial.ac。兰斯·帕森斯

维护者:Florian Hahne < Florian。Hahne在novarti.com >

安装

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文档

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browseVignettes(“Gviz”)

PDF	R脚本	Gviz用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，软件，可视化
版本	1.8.4
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，方法，网格，BiocGenerics(> = 0.1.4)
进口	IRanges(> = 1.19.5),XVector，rtracklayer(> = 1.15.5),晶格，RColorBrewer，biomaRt(> = 2.11.0),GenomicRanges(> = 1.7.14),AnnotationDbi(> = 1.17.11),Biobase(> = 2.15.3),GenomicFeatures(> = 1.9.7),BSgenome(> = 1.31.5),Biostrings(> = 2.31.8),biovizBase(> = 1.5.7),Rsamtools(> = 1.11.1),latticeExtra-26年(> = 0.6),matrixStats(> = 0.8.14),GenomicAlignments(> = 0.99.11)
链接
建议	xtable，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	biomvRCNS，腰带，DMRforPairs
进口我	GGtools，methyAnalysis，平，trackViewer
建议我	annmap，cn，gwascat，interactiveDisplay，QuasR，SplicingGraphs
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	Gviz_1.8.4.tar.gz
Windows二进制	Gviz_1.8.4.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Gviz_1.8.4.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	Gviz_1.8.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/Gviz/tree/release-2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Gviz/
软件包下载报告	下载数据