要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因组校准”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicAlignments.
Bioconductor版本:2.14
提供高效的容器,用于存储和操作短基因组序列(通常通过将短读序列对准参考基因组来获得)。这包括读取计数、计算覆盖范围、结检测和处理比对的核苷酸含量。
作者:Herv\'e Pag\ ' es, Valerie Obenchain, Martin Morgan
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内,输入引用(“GenomicAlignments”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因组校准”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomicAlignments”)
R脚本 | 使用summarizeOverlaps计数读取 | |
R脚本 | 重叠编码 | |
R脚本 | 研究排列的核苷酸 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,遗传学,基础设施,RNASeq,单核苷酸多态性,测序,软件 |
版本 | 1.0.6 |
在Bioconductor | BioC 2.14 (R-3.1)(2年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.7.7),IRanges(> = 1.21.25),GenomicRanges(> = 1.15.32),Biostrings(> = 2.31.10),Rsamtools(> = 1.15.26),BSgenome(> = 1.31.12) |
进口 | 方法、统计数据BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,BiocParallel |
链接 | IRanges |
建议 | rtracklayer,GenomicFeatures,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,pasillaBamSubset,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,DESeq,刨边机,RUnit,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | AllelicImbalance,嵌合体,DiffBind,prebs,RIPSeeker,rnaSeqMap,ShortRead,SplicingGraphs |
进口我 | biovizBase,ChIPQC,cn,CoverageView,customProDB,easyRNASeq,GenomicFiles,ggbio,gmapR,Gviz,HTSeqGenie,leeBamViews,图片,QuasR,Repitools,咆哮,rtracklayer,SplicingGraphs,trackViewer |
建议我 | DESeq2,计,GenomicRanges,parathyroidSE,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RnaSeqTutorial,Rsamtools,彩带 |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | GenomicAlignments_1.0.6.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicAlignments_1.0.6.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | GenomicAlignments_1.0.6.tgz |
Mac OS X 10.9 (Mavericks) | GenomicAlignments_1.0.6.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomicAlignments/tree/release-2.14 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicAlignments/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |