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Biostrings

这个包是2.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Biostrings

字符串对象代表生物序列,和匹配算法

Bioconductor版本:2.14

记忆有效字符串容器,字符串匹配算法,和其他实用程序,用于快速操作的大型生物序列或集序列。

作者:h .页面、p . Aboyoun r .绅士,和美国DebRoy

维修工:h .页< hpages fhcrc.org >

从内部引用(R,回车引用(“Biostrings”)):

安装

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PDF R脚本 一个简短的发言Biostrings 2中定义的基本类
PDF R脚本 Biostrings概览
PDF R脚本 处理探针序列信息
PDF R脚本 多重比对
PDF R脚本 两两序列比对
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,DataRepresentation,遗传学,基础设施,SequenceMatching,测序,软件
版本 2.32.1
Bioconductor自 BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 2.8.0)、方法BiocGenerics(> = 0.5.4),IRanges(> = 1.21.35),XVector(> = 0.3.6)
进口 图形、方法、统计跑龙套,BiocGenerics,IRanges,XVector,zlibbioc
链接 IRanges,XVector
建议 BSgenome(> = 1.13.14),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18,drosophila2probe,hgu95av2probe,hgu133aprobe,GenomicFeatures(> = 1.3.14),hgu95av2cdf,affy(> = 1.41.3),affydata(> = 1.11.5),RUnit
SystemRequirements
增强了 Rmpi
URL
取决于我 altcdfenvs,Basic4Cseq,大脑,BSgenome,ChIPpeakAnno,ChIPsim,切肉刀,CRISPRseek,DASiR,解读,deepSNV,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,GeneRegionScan,基因组,GenomicAlignments,哥特,harbChIP,iPAC,JASPAR2014,methVisual,minfi,MotifDb,motifRG,益生元,oneChannelGUI,pd.hugene.2.0.st,pd.hugene.2.1.st,pd.mogene.2.0.st,pd.mogene.2.1.st,pd.nugo.hs1a520180,pd.nugo.mm1a520177,pd.ragene.2.0.st,pd.ragene.2.1.st,PWMEnrich,qrqc,R453Plus1Toolbox,REDseq,rGADEM,Roleswitch,Rsamtools,rSFFreader,RSVSim,sangerseqR,SCAN.UPC,scsR,seqbias,ShortRead,spliceSites,三层,waveTiling
进口我 AffyCompatible,AllelicImbalance,ArrayExpressHTS,BCRANK,击败,BioSeqClass,biovizBase,BSgenome,魅力,ChIPseqR,ChIPsim,cn,cobindR,customProDB,dagLogo,easyRNASeq,ensemblVEP,gcrma,GeneRegionScan,GenomicAlignments,GenomicFeatures,ggbio,GGtools,girafe,gmapR,Gviz,gwascat,h5vc,HiTC,HTSeqGenie,KEGGREST,MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138,MEDIPS,MEDME,methVisual,,motifRG,MotIV,oligoClasses,OTUbase,pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1,pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter,pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter,pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter,pd.ag,pd.aragene.1.0.st,pd.aragene.1.1.st,pd.atdschip.tiling,pd.ath1.121501,pd.barley1,pd.bovgene.1.0.st,pd.bovgene.1.1.st,pd.bovine,pd.bsubtilis,pd.cangene.1.0.st,pd.cangene.1.1.st,pd.canine,pd.canine.2,pd.celegans,pd.charm.hg18.example,pd.chicken,pd.citrus,pd.cotton,pd.cyngene.1.0.st,pd.cyngene.1.1.st,pd.cyrgene.1.0.st,pd.cyrgene.1.1.st,pd.cytogenetics.array,pd.drosgenome1,pd.drosophila.2,pd.e.coli.2,pd.ecoli,pd.ecoli.asv2,pd.equgene.1.0.st,pd.equgene.1.1.st,pd.feinberg.hg18.me.hx1,pd.feinberg.mm8.me.hx1,pd.felgene.1.0.st,pd.felgene.1.1.st,pd.genomewidesnp.5,pd.genomewidesnp.6,pd.hc.g110,pd.hg.focus,pd.hg.u133.plus.2,pd.hg.u133a,pd.hg.u133a.2,pd.hg.u133a.tag,pd.hg.u133b,pd.hg.u219,pd.hg.u95a,pd.hg.u95av2,pd.hg.u95b,pd.hg.u95c,pd.hg.u95d,pd.hg.u95e,pd.hg18.60mer.expr,pd.ht.hg.u133.plus.pm,pd.ht.hg.u133a,pd.ht.mg.430a,pd.hu6800,pd.huex.1.0.st.v2,pd.hugene.1.0.st.v1,pd.hugene.1.1.st.v1,pd.maize,pd.mapping250k.nsp,pd.mapping250k.sty,pd.mapping50k.hind240,pd.mapping50k.xba240,pd.medicago,pd.mg.u74a,pd.mg.u74av2,pd.mg.u74b,pd.mg.u74bv2,pd.mg.u74c,pd.mg.u74cv2,pd.mirna.1.0,pd.mirna.2.0,pd.mirna.3.0,pd.mirna.3.1,pd.moe430a,pd.moe430b,pd.moex.1.0.st.v1,pd.mogene.1.0.st.v1,pd.mogene.1.1.st.v1,pd.mouse430.2,pd.mouse430a.2,pd.mu11ksuba,pd.mu11ksubb,pd.ovigene.1.0.st,pd.ovigene.1.1.st,pd.pae.g1a,pd.plasmodium.anopheles,pd.poplar,pd.porcine,pd.porgene.1.0.st,pd.porgene.1.1.st,pd.rae230a,pd.rae230b,pd.raex.1.0.st.v1,pd.ragene.1.0.st.v1,pd.ragene.1.1.st.v1,pd.rat230.2,pd.rcngene.1.1.st,pd.rg.u34a,pd.rg.u34b,pd.rg.u34c,pd.rhegene.1.0.st,pd.rhegene.1.1.st,pd.rhesus,pd.rice,pd.rjpgene.1.1.st,pd.rn.u34,pd.s.aureus,pd.soybean,pd.soygene.1.1.st,pd.sugar.cane,pd.tomato,pd.u133.x3p,pd.vitis.vinifera,pd.wheat,pd.x.laevis.2,pd.x.tropicalis,pd.xenopus.laevis,pd.yeast.2,pd.yg.s98,pd.zebgene.1.0.st,pd.zebgene.1.1.st,pd.zebrafish,pdInfoBuilder,phyloseq,qrqc,QuasR,Rcpi,REDseq,Repitools,rGADEM,Rolexa,rSFFreader,rtracklayer,SeqArray,SomaticSignatures,synapter,TFBSTools,VariantAnnotation,VariantFiltering,VariantTools
建议我 注释,BeadArrayUseCases,CSAR,exomeCopy,GenomicRanges,genoset,methylumi,,海市蜃楼,pcaGoPromoter,procoil,rpx,rTRM,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608,XVector
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 Biostrings_2.32.1.tar.gz
Windows二进制 Biostrings_2.32.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) Biostrings_2.32.1.tgz
Mac OS X 10.9(小牛) Biostrings_2.32.1.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/biostrings/tree/release - 2.14
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Biostrings/
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