##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“BSgenome”)

此包适用于Bioconductor 2.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见BSgenome．

基于生物链的基因组数据包的基础设施

Bioconductor版本:2.14

所有基于biostrings的基因组数据包共享的基础设施

作者:Herve Pages

维护:H. Pages

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“BSgenome”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BSgenome”)

PDF	R脚本	利用Biostrings和BSgenome数据包进行高效的基因组搜索
PDF	R脚本	如何伪造BSgenome数据包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DataRepresentation，遗传学，基础设施，单核苷酸多态性，SequenceMatching，软件
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 1.9 (R-2.4)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.8.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.1.2),IRanges(> = 1.13.6),GenomicRanges(> = 1.15.9),Biostrings(> = 2.23.3)
进口	方法,BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，XVector，Biostrings，Rsamtools
链接
建议	BiocInstaller，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.11),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，hgu95av2probe，Biobase，GenomeInfoDb，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	BSgenome.Alyrata.JGI.v1，BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4，BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2，BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked，BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008，BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3.masked，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4.masked，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6.masked，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Celegans.UCSC.ce6，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.masked，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2.masked，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.masked，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5.masked，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6.masked，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7.masked，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1，BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1.masked，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2.masked，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked，BSgenome.Osativa.MSU.MSU7，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3，BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3.masked，BSgenome.Tgondii.ToxoDB.7.0，BSgenome.Tguttata.UCSC.taeGut1，BSgenome.Tguttata.UCSC.taeGut1.masked，篮球选手，chipseq，cleanUpdTSeq，CRISPRseek，GenomicAlignments，哥特，htSeqTools，leeBamViews，MEDIPS，motifRG，REDseq，rGADEM，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608
进口我	击败，BSgenome.Alyrata.JGI.v1，BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4，BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2，BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked，BSgenome.Athaliana.TAIR.04232008，BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3.masked，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4.masked，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6，BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6.masked，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Celegans.UCSC.ce6，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2.masked，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3，BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.masked，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2.masked，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.masked，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5.masked，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6.masked，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7.masked，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1，BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1.masked，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4.masked，BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.masked，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2.masked，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3，BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8.masked，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.masked，BSgenome.Osativa.MSU.MSU7，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2.masked，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3，BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn4.masked，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5，BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3，BSgenome.Sscrofa.UCSC.susScr3.masked，BSgenome.Tgondii.ToxoDB.7.0，BSgenome.Tguttata.UCSC.taeGut1，BSgenome.Tguttata.UCSC.taeGut1.masked，魅力，ChIPpeakAnno，chipseq，cobindR，ggbio，girafe，gmapR，Gviz，MEDIPS，MethylSeekR，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg19，平，QuasR，R453Plus1Toolbox，Repitools，rtracklayer，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，TFBSTools，VariantAnnotation，VariantFiltering
建议我	Biostrings，biovizBase，easyRNASeq，GeneRegionScan，GenomeInfoDb，GenomicFeatures，GenomicRanges，genoset，MEDIPS，海市蜃楼，oneChannelGUI，QDNAseq，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，连接工具，waveTiling
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	BSgenome_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	BSgenome_1.32.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	BSgenome_1.32.0.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	BSgenome_1.32.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/BSgenome/tree/release-2.14
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome/
软件包下载报告	下载数据