### R代码从vignette源的vignettes/flowFlowJo/inst/doc/flowFlowJo。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:flowFlowJo。Rnw: 118 - 124 ################################################### 图书馆(flowCore);图书馆(XML);图书馆(flowFlowJo);拆除<-系统。文件(“extdata”、“DemoWorkspace。wsp”,包= " flowFlowJo ");actualFCSLoc <- system。文件(“extdata / fcsFiles”、包=“flowFlowJo”);testList <- readFlowJoList(拆除位置，altFileLocation=actualFCSLoc);################################################### ### 代码块2号:flowFlowJo。Rnw:157-160 ################################################### z <- getFlowJoGates(testList, fileNamePatterns=c("C02")); print(summary(z)); print(summary(z$filter)); ################################################### ### code chunk number 3: flowFlowJo.Rnw:261-263 ################################################### getFlowJoSummary(testList, gatesByFile=FALSE, removeParentalNames=TRUE); getFlowJoSummary(testList, removeParentalNames=TRUE); ################################################### ### code chunk number 4: flowFlowJo.Rnw:279-280 ################################################### summaryStatsObj <- collectSummaryFlowInfo(testList); ################################################### ### code chunk number 5: flowFlowJo.Rnw:338-344 ################################################### expDescFrame <- data.frame(Drug=c(rep("Amospho", 3), rep("Gleevec", 3), rep("Chloro", 3)), Conc=rep(c(0.001, 0.0001, 0.00001), 3), FCSFilename=dir(actualFCSLoc, full.names=TRUE), FlowJoWorkspace=rep(demoLocation, length(dir(actualFCSLoc)))); ################################################### ### code chunk number 6: flowFlowJo.Rnw:356-358 ################################################### flowReport <- createFlowReport(summaryStatsObj, factorsFrame=expDescFrame); print(head(flowReport));