### R代码来自vignette源的vignettes/Biobase/inst/doc/Qviews。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:doa ################################################### 如果(!("Biobase" %in% search())) library(Biobase) if (!("ALL" %in% search()))库(ALL) if (!(“所有”% %对象()))(所有数据 ) ################################################### ### 代码块2号:getaEF (eval = FALSE ) ################################################### ## 库(Biobase) # #库(全部)数据(全部)# # # # ################################################### ### 代码块3号:mkprov ################################################### 如果(数据源=函数(dsn) {!Is (dsn， "character")) dsn = try(deparse(substitute(dsn))) if (inherits(dsn， "try-error")) stop("can't parse dsn arg") dd = data()$results if(是。na(匹配(dsn, dd(“项目”))))返回(NULL)粘贴(“包:dd (dd(“项目”)= = dsn,“包”),9月 ="") } ################################################### ### 代码块4号:newmeth ################################################### setGeneric(“偷看”,函数(x, maxattr = 10) standardGeneric (peek)) setMethod(“偷看”,c(“分野”、“数字”)、功能(x, maxattr = 10) {ds =数据源(deparse(替代(x)))如果(! is.null (ds)) ds =粘贴(“(从“ds,”)”,9 = " ")其他ds = "猫(deparse(替代(x)), ds, ": \ n ", 9 = " ")猫(“平台注释:"，注释(x)，"\n") cat("主要分析结果为:\n") print(dim(x)) cat("样本属性为:\n") vn = rownames(varMetadata(x)) ld = substr(varMetadata(x)$labelDescription,1,50) dd = data.frame("labelDescription[truncated]"=ld) rownames(dd) = vn if ((ndd <- nrow(dd)) <= maxattr) show(dd) else {cat("first"， maxattr， "of"， ndd，"attributes:\n") show(dd[1:maxattr，，drop=FALSE])} cat("----------\n") cat("使用varTable查看所有样本属性的值/频率\n") cat("使用varTable查看所有样本属性的值/频率\n") cat("----------\n")}) setMethod("peek"， c("eSet"， "missing")， function(x,maxattr=10) {ds = dataSource(deparse(substitute(x)))) if (!is.null(ds)) ds = paste(" [from "， ds， "]"， sep="") else ds ="" cat(deparse(substitute(x))， ds， ":\n"， sep=") cat("平台注释:""，注释(x)，"\n") cat("主要分析结果为:\n") print(dim(x)) cat("样本属性为:\n") vn = rownames(varMetadata(x)) ld = substr(varMetadata(x)$labelDescription,1,50) dd = data.frame("labelDescription[truncated]"=ld) rownames(dd) = vn if ((ndd <- nrow(dd)) <= maxattr) show(dd) else {cat("first"， maxattr， "of"， ndd，"attributes:\n") show(dd[1:maxattr，，drop=FALSE])} cat("----------\n") cat("use varTable to see values/ frequency of all sample attributes\n") cat("use varTable to see values/ frequency of all sample attributes\n") cat("----------\n")} setGeneric("varTable"， function(x, full=FALSE, max=Inf) standardGeneric("varTable")) setMethod("varTable"， c("eSet"， "missing"， "ANY")， function(x, full=FALSE, max=Inf) varTable(x, FALSE, max)) setMethod("varTable"， c("eSet"， "logical"， "ANY")， function(x, full=FALSE, max=Inf)， function(x, full=FALSE, max=Inf) {ans = lapply(names(pData(x))，函数(z)表(x [[z]]))鞣料= lapp (ans,名字)kp = 1: min (max、长度(晒))(完整!)ans =酸式焦磷酸钠(selectSome黝黑色,3)(kp)其他ans =黝黑色(kp)名称(ans) =名称(pData (x)) (kp) ans}) setGeneric(“varNames函数(x) standardGeneric(“varNames”))setMethod(“varNames”、“eSet函数(pData (x (x)名称 ))) ################################################### ### 代码块5号: lka ################################################### peek(ALL) ################################################### ### code chunk number 6: lkv ################################################### varNames(ALL) ################################################### ### code chunk number 7: lkvn ################################################### varTable(ALL, max=4) ################################################### ### code chunk number 8: lkvn ################################################### varTable(ALL, full=TRUE, max=4)