### R代码来自vignette源的vignettes/ allelic失衡/inst/doc/ allelic失衡。Rnw“# # #编码:utf - 8 ################################################### ### 代码块1号:介绍 ################################################### 库(AllelicImbalance ) ################################################### ### 代码块2号:createExampleASEset ################################################### searchArea < -农庄(seqnames = c(17),范围= IRanges (79478301, 79478301)) pathToFiles < -系统。file("extdata/ erp000101_子集"，package="AllelicImbalance") reads <- impBamGAL(pathToFiles,searchArea,verbose=FALSE) heterozygotePositions <- scanForHeterozygotes(reads,verbose=FALSE) countList <- getAlleleCount(reads, heterozygotePositions, verbose=FALSE) .simple <- ASEsetFromCountList(heterozygotePositions,countList) .simple ################################################### ###代码块号3:gettingASEsetFromBcf ################################################### BcfGR < - impBcfGR (pathToFiles、searchArea verbose = FALSE) countListBcf < - getAlleleCount(读、BcfGR verbose = FALSE) a.bcf < ASEsetFromCountList (BcfGR countListBcf ) ################################################### ### 代码块4号:创建链ASEset ################################################### + < - getAlleleCount(读、heterozygotePositions链= " + " verbose = F) - < - getAlleleCount(读、heterozygotePositions链=“-”,verbose = F) a.stranded < - ASEsetFromCountList (heterozygotePositions countListPlus = + countListMinus = -) a.stranded ################################################### ### 代码块5号:highlightgetAreaFromGeneNames ################################################### # 从图书馆得到searchArea genesymbol (org.Hs.eg.db) searchArea < -getAreaFromGeneNames(“ACTG1”,org.Hs.eg.db) # rs-IDs图书馆(SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608) updatedGRanges < -getSnpIdFromLocation (rowData (a.simple) SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608) rowData (a.simple) < -updatedGRanges ################################################### ### 代码块6号:creatingphenotypedASEset ################################################### #模拟表型数据pdata <- DataFrame(Treatment=sample(c("ChIP"， "Input")，length(reads)，replace=TRUE)， Gender=sample(c("male"， "female")，length(reads)，replace=TRUE)， row.names=paste("individual"，1:length(reads)，sep="")) #make new ASEset with pdata .new <- ASEsetFromCountList(heterozygotePositions, countList，colData = pdata) #添加到现有对象colData (a.simple) < - pdata ################################################### ### 代码块7号:usingStatisticsTests ################################################### # 使用一个子集进行测试a2 < - a.stranded[5:10] #两种类型的测试binom.test (a2,“+”)chisq.test (a2 ,"-") ################################################### ### 代码块8号:plottingDemonstration1 ################################################### barplot (a.stranded[1],链= " + ")#使用其他测试btp < - binom.test (a.stranded[1],“+”)barplot (a。链[1],链= " + ",testValue = btp ) ################################################### ### 代码块9号:plottingDemonstration2 ################################################### barplot (a.simple type = "分数 ") ################################################### ### 代码块10号:plottingDemonstration3 ################################################### sampleColour <代表(“浅紫红ncol (a.simple)) sampleColour [colData (a.simple)(,“性别”)% % "男"]< -“蓝色”barplot (a.simple[1],类型=“分数”,sampleColour = sampleColour ) ################################################### ### 代码块11号: useAnnotationPlot ################################################### library(org.Hs.eg.db) library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) barplot(a.simple[1],OrgDb=org.Hs.eg.db,TxDb=TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) ################################################### ### code chunk number 12: locationPlot ################################################### #using count type locationplot(a.simple,type="count") #use annotation locationplot(a.simple,OrgDb=org.Hs.eg.db,TxDb=TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) ################################################### ### code chunk number 13: sessioninfo ################################################### sessionInfo()