4.10版本的变化 ---------------------- o大幅修订后的小插图4.9版本的变化 ---------------------- o。cis接受CisConfig实例来定义cis搜索的参数CHANGES IN VERSION 4.7 ---------------------- o添加了snplocsDefault()函数，以简化对snplocs . hsapens . dbsnp的适当选择。sensanal()函数现在在sensiCisInput实例上操作，以帮助提供顺式eqtl搜索的灵敏度分析概述---------------------- o用于单种群分析的主要工具是best.cis.eQTLs和transScores。使用meta.best.cis.eQTLs和meta.transScores处理多种群分析。o通过包装ExpressionSet和染色体特异性SnpMatrix实例处理了大量基因型数据;表达+基因型数据的请求被定向到通过GGBase::getSS介导的包中。可以在主要工具中联合使用的两种数据过滤参数是exFilter，它在任何分析之前操作表达式组件，以及smFilter，它操作整个smlSet。exFilter可用于在工作流程的早期分离感兴趣的样本，例如，当表达加基因型包包括来自同一个体的不同组织的样本时。o 2012年5月:best.cis.eQTLs有getDFFITS选项o 2010年3月:gwSnpTests等已弃用，取而代之的是更简单、更容易并行的接口。新的基于iranges的cis限制计算将被引入3.0版本的变化---------------------- 2008年3月:完全检修使用snpMatrix基因型表示。 gwSnpScreen is main interface o manage warnings of ff.[ a bit better, May 13 2012 o racExSet is not a primary tool any more; smlSet is