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这个包是Bioconductor的2.13版本;有关稳定的最新发布版本，请参阅vsn。

微阵列数据的方差稳定和校准

Bioconductor版本:2.13

该封装实现了一种对微阵列强度进行标准化的方法，包括阵列内颜色之间和阵列之间的强度。该方法使用了在参考文献中描述的微阵列数据的随机模型的最大似然估计的一个稳健变体(见小图)。该模型包含了数据校准(又称归一化)、方差依赖于平均强度的模型，以及方差稳定数据转换。转换强度之间的差异类似于“归一化对数比”。然而，与后者不同的是，它们的方差独立于均值，并且在检测差异转录时通常更加敏感和特异。

作者:沃尔夫冈·胡贝尔，来自安雅·冯·海德布雷克的贡献。许多用户的评论和建议得到了认可，其中包括丹尼斯·考斯特卡(Dennis Kostka)、大卫·克雷尔(David Kreil)、汉斯-乌尔里希·克莱因(Hans-Ulrich Klein)、罗伯特·格曼(Robert Gentleman)、迪帕扬·萨卡尔(Deepayan Sarkar)和戈登·史密斯(Gordon smith)。

维护者:Wolfgang Huber < Huber at ebi.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

要查看系统中安装的这个包的版本文档，启动R并输入:

browseVignettes(“vsn”)

PDF	R脚本	介绍vsn
PDF	R脚本	vsn的似然计算
PDF	R脚本	用模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,软件,TwoChannel
版本	3.30.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),Biobase(> = 2.5.5)
进口	方法,affy(> = 1.23.4),limma,晶格
链接
建议	affydata,hgu95av2cdf
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	affyPara,cellHTS2,LVSmiRNA,MmPalateMiRNA,webbioc
进口我	arrayQualityMetrics,imageHTS,MSnbase,pvca,林格,tilingArray
建议我	adSplit,Agi4x44PreProcess,beadarray,BiocCaseStudies,cellHTS,DESeq,DESeq2,雌激素,ggbio,GlobalAncova,globaltest,limma,光民,《暮光之城》
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。

包的来源	vsn_3.30.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)	vsn_3.30.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/vsn/tree/release-2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/
包下载报告	下载数据