要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“tilingArray”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

tilingArray

此包适用于Bioconductor 2.13版本;有关稳定的最新发布版本,请参见tilingArray

高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图

Bioconductor版本:2.13

该软件包提供的功能可用于分析高密度平片微阵列数据(如来自Affymetrix基因芯片),以测量转录本丰度和结构。该软件包的主要功能有:1。类'segmentation'用于表示线性序列数据的分割;2.函数“分段”拟合分段常数模型使用的动态规划算法,既快又准确;3.函数'confint'用于使用结构包计算置信区间;4.函数'plotAlongChrom'用于生成漂亮的图形;5. the function 'normalizeByReference' for probe-sequence dependent response adjustment from a (set of) reference hybridizations.

作者:Wolfgang Huber, Zhenyu Xu, Joern Toedling, Matt Ritchie贡献

维护者:徐振宇< Zhenyu at ebi.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“tilingArray”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“tilingArray”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“tilingArray”)

PDF R脚本 plotAlongChrom函数的介绍
PDF R脚本 介绍使用分段函数拟合分段常数曲线
PDF R脚本 使用tilingArray包中的normalizeByReference函数进行规范化
PDF R脚本 分割演示
PDF R脚本 补充。成本矩阵的计算
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列OneChannel预处理软件可视化
版本 1.40.0
在Bioconductor BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 11年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.11.0),Biobase、方法、象图
进口 strucchangeaffyvsngenefilterRColorBrewer, grid, stats4
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 davidTiling
进口我 ADaCGH2snapCGH
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 tilingArray_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 tilingArray_1.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) tilingArray_1.40.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/tilingArray/tree/release-2.13
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/tilingArray/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
弗雷德哈钦森癌症研究中心