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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅股东价值分析。

代理变量分析

Bioconductor版本:2.13

上海广电包包含函数删除批处理效果和其他不必要的高通量实验变异。具体来说,上海广电包包含函数的识别和建立代理变量高维数据集。代理变量是协变量构造直接从高维数据(如基因表达/核糖核酸测序/甲基化/脑成像数据),可用于后续分析调整为未知,未建模,或者潜在的噪音来源。上海广电包可以用来去除工件在两个方面:(1)识别和评估代理变量未知来源的高通量的变化实验(韭菜和层2007《公共科学图书馆遗传学、2008 PNAS)和(2)直接删除批处理效果使用战斗(Johnson et al . 2007生物统计学)。删除批处理效果和使用代理变量的微分表达式分析被证实能够减少依赖,稳定估计错误率,提高再现性,看到(韭菜和层2007 PLoS Genetics, 2008 PNAS或韭菜et al . 2011 Nat。遗传学评论)。代理变量分析和作战是在微阵列实验的背景下开发的,但可以使用一般工具高吞吐量数据集,可能涉及的依赖。

作者:杰弗里·t .韭菜< jleek jhsph.edu > w·埃文约翰逊< wej bu.edu >,希拉里·s·帕克< hiparker jhsph.edu >,安德鲁·e·贾菲< ajaffe jhsph.edu >,约翰·d·层< jstorey princeton.edu >,

维修工:杰弗里·t .韭菜< jleek jhsph.edu >

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PDF	R脚本	bladderbatchTutorial
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,MultipleComparisons,预处理,软件,统计数据
版本	3.8.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.8),corpcor,mgcv
进口	图形、统计数据
链接
建议	limma,pamr,bladderbatch
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	冠军,魅力,DeSousa2013,触发
建议我	curatedBladderData,curatedOvarianData
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	sva_3.8.0.tar.gz
Windows二进制	sva_3.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	sva_3.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/sva/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sva/
包下载报告	下载数据