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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rtracklayer。

R接口基因组浏览器及其注释

Bioconductor版本:2.13

可扩展的框架与多个基因组浏览器进行交互(目前UCSC的内置)和操纵注释跟踪以各种格式(目前人造石铺地面,床、bedGraph BED15,假发,权贵和2位内置)。用户可以导出/导入跟踪与支持的浏览器,以及查询和修改浏览器状态,如当前视口。

作者:迈克尔·劳伦斯,文斯凯里,罗伯特先生

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

安装

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PDF	R脚本	rtracklayer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,软件,可视化
版本	1.22.7
Bioconductor自	BioC 2.2 (r - 2.7)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10),方法,GenomicRanges(> = 1.13.3)
进口	XML(1.98 > = 0),BiocGenerics(> = 0.7.7),IRanges(> = 1.19.34),XVector(> = 0.1.3),GenomicRanges(> = 1.13.43),Biostrings(> = 2.29.18),BSgenome(> = 1.23.1),zlibbioc,RCurl(> = 1.4 - 2),Rsamtools(> = 1.13.1)
链接	IRanges,XVector
建议	humanStemCell,微(> = 1.1.1),genefilter,limma,org.Hs.eg.db,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,hgu133plus2.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	腰带,EatonEtAlChIPseq,exomePeak,HTSeqGenie,MethylSeekR,r3Cseq,RIPSeeker,连接工具
进口我	BiSeq,篮球选手,CexoR,ChromHeatMap,customProDB,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FunciSNP,FunciSNP.data,geneLenDataBase,GenomicFeatures,ggbio,gmapR,Gviz,HiTC,HTSeqGenie,interactiveDisplay,MEDIPS,methyAnalysis,MotifDb,VariantAnnotation,VariantTools
建议我	biovizBase,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggtut,goseq,Gviz,gwascat,HiTC,ind1KG,methylumi,MotIV,NarrowPeaks,oneChannelGUI,图片,平,QuasR,R453Plus1Toolbox,Repitools,林格,rMAT,RSVSim,三层,TSSi
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	rtracklayer_1.22.7.tar.gz
Windows二进制	rtracklayer_1.22.7.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	rtracklayer_1.22.7.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rtracklayer/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rtracklayer/
包下载报告	下载数据