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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gmapR。

提供了方便的方法来从内部与GMAP和GSNAP R

Bioconductor版本:2.13

GSNAP和GMAP一双工具使短内容数据由吴汤姆写的。这个包提供了方便的方法来从内部与GMAP和GSNAP r .此外,它提供了方法来记录校准结果per-nucleotide基础上使用bam_tally工具。

作者:科里巴尔,托马斯,迈克尔·劳伦斯

维护人员:迈克尔·劳伦斯<劳伦斯。迈克尔在gene.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“gmapR”)

文档

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PDF	R脚本	gmapR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	软件
版本	3
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.15.0)、方法GenomicRanges
进口	IRanges,Rsamtools(> = 1.7.4),rtracklayer(> = 1.17.15),GenomicRanges,GenomicFeatures,Biostrings,VariantAnnotation(> = 1.7.34)、工具Biobase,BSgenome、方法
链接
建议	RUnit,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3,VariantAnnotation,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,LungCancerLines
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	HTSeqGenie
进口我	VariantTools
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	gmapR_1.4.3.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/gmapr/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gmapR/
包下载报告	下载数据