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此包适用于Bioconductor 2.13版本;有关稳定的最新发布版本，请参见计．

途径分析的一般适用基因集富集

Bioconductor版本:2.13

GAGE是一种已发表的基因集(富集或GSEA)或通路分析方法。GAGE通常适用于独立于微阵列或RNA-Seq数据属性，包括样本量、实验设计、分析平台和其他类型的异质性，并始终优于其他常用方法。在gage包中，我们提供了基本gage分析、结果处理和表示的功能。我们还建立了一批多个GAGE分析的管道例程，并行分析之间的比较，以及来自不同来源/研究的异质数据的组合分析。此外，我们还提供了基于KEGG通路和GO术语的演示微阵列数据和常用基因集数据。这些功能和数据对于使用其他方法进行基因集分析也很有用。

作者:罗维钧

维护者:Weijun Luo < Luo Weijun at yahoo.com>

安装

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文档

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browseVignettes(“规”)

PDF	R脚本	基因集和数据准备
PDF	R脚本	通用基因集/通路分析
PDF	R脚本	RNA-Seq数据通路和基因集分析工作流程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，去，GeneSetEnrichment，遗传学，微阵列，MultipleComparisons，OneChannel，通路，RNAseq，软件，TwoChannel
版本	2.12.3
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2.0)
取决于	R (>= 2.10)
进口	图，KEGGREST
链接
建议	pathview，gageData，GO.db，org.Hs.eg.db，hgu133a.db，GSEABase，Rsamtools，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，DESeq，DESeq2，刨边机，limma
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161
全靠我
进口我
建议我	gageData，pathview
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	gage_2.12.3.tar.gz
Windows二进制	gage_2.12.3.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	gage_2.12.3.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/gage/tree/release-2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gage/
软件包下载报告	下载数据