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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅easyRNASeq。

数为RNA-Seq数据汇总和规范化。

Bioconductor版本:2.13

计算的覆盖率对基因组高通量short-reads参考和总结每特性感兴趣(如外显子、基因、成绩单)。数据规范化的“RPKM”或“DESeq”或“刨边机”包。

作者:尼古拉•Delhomme Ismael Padioleau Bastian Schiffthaler

维修工:尼古拉斯Delhomme < Delhomme在embl.de >

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PDF	R脚本	easyRNASeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,遗传学,预处理,RNAseq,软件
版本	1.8.8
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	genomeIntervals(> = 1.18.0),Biobase(> = 2.22.0),biomaRt(> = 2.18.0),刨边机(> = 3.4.0),Biostrings(> = 2.30.0),DESeq(> = 1.14.0),GenomicRanges(> = 1.14.3),IRanges(> = 1.20.5),Rsamtools(> = 1.14.1),ShortRead(> = 1.20.0)
进口	图形方法,平行,跑龙套,BiocGenerics(> = 0.8.0),迷幻药(> = 2.5)
链接
建议	BSgenome(> = 1.30.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.19),GenomicFeatures(> = 1.14.0),RnaSeqTutorial(> = 0.0.13),BiocStyle(> = 1.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	RnaSeqTutorial
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	easyRNASeq_1.8.8.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_1.8.8.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	easyRNASeq_1.8.8.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/easyrnaseq/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
包下载报告	下载数据