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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅affyPLM。

方法拟合probe-level模型

Bioconductor版本:2.13

一个包扩展,提高基地affy包的功能。例程,使大量使用编译后的代码的速度。中央的重点是实现方法拟合probe-level模型和工具使用这些模型。基于PLM的质量评估工具。

作者:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

维护人员:本Bolstad < bmb bmbolstad.com >

安装

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文档

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browseVignettes (“affyPLM”)

PDF	R脚本	affyPLM:先进MAplot函数的使用
PDF	R脚本	affyPLM:拟合调查水平模型
PDF	R脚本	affyPLM:基于模型的质量控制评估Affymetrix GeneChips
PDF	R脚本	affyPLM: threestep函数
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,质量控制,软件
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 11年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.3.2),affy(> = 1.11.0),Biobase(> = 2.17.8),gcrma统计数据,preprocessCore(> = 1.5.1)
进口	BiocGenerics,zlibbioc、图形grDevices、方法
链接	preprocessCore
建议	affydata,质量
SystemRequirements
增强了
URL	http://bmbolstad.com
取决于我	affylmGUI,affylmGUI,RefPlus
进口我	affyQCReport,arrayQualityMetrics,virtualArray
建议我	AffyExpress,arrayMvout,ArrayTools,BiocCaseStudies,BiocGenerics,frmaTools,ggbio,metahdep,oneChannelGUI,钢琴
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	affyPLM_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	affyPLM_1.38.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	affyPLM_1.38.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/affyplm/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/affyPLM/
包下载报告	下载数据