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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VegaMC。

VegaMC:一个包实现变分分段光滑模型识别司机染色体不平衡的癌症

Bioconductor版本:2.13

这个包可以检测司机染色体不平衡包括杂合性丢失(LOH)阵列比较基因组杂交(aCGH)数据。VegaMC执行联合细分的数据集,并使用统计框架区分司机和乘客突变。VegaMC已经实现,这样就可以将立即与输出由PennCNV集成工具。此外,VegaMC产生的输出之间的两个网页,允许快速导航区域检测和基因改变。在web页面总结了改变基因,链接到各自的运用基因报告web页面。

作者:美国摩根氏菌属和m .切

维护人员:桑德罗摩根氏菌属<桑德罗在ebi.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

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browseVignettes (“VegaMC”)

PDF	R脚本	VegaMC
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学,CopyNumberVariants,软件,aCGH
版本	2.8.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10.0),biomaRt,Biobase,genoset
进口	方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	VegaMC_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	VegaMC_2.8.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	VegaMC_2.8.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/vegamc/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VegaMC/
包下载报告	下载数据