要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“VariantAnnotation”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

VariantAnnotation

此包适用于Bioconductor 2.13版本;有关稳定的最新发布版本,请参见VariantAnnotation

遗传变异的注释

Bioconductor版本:2.13

注释变体,计算氨基酸编码变化,预测编码结果

作者:Valerie Obenchain, Martin Morgan, Michael Lawrence, Stephanie Gogarten撰稿。

维护者:Valerie Obenchain < vbencha at fhcrc.org>

引文(从R内,输入引用(“VariantAnnotation”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“VariantAnnotation”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF R脚本 filterVcf概述
PDF R脚本 VariantAnnotation介绍
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释DataImport遗传学HighThroughputSequencingHomo_sapiens单核苷酸多态性测序软件
版本 1.8.13
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.8.0),方法,BiocGenerics(> = 0.7.7),GenomicRanges(> = 1.13.51),Rsamtools(> = 1.13.47),IRanges(> = 1.19.36),XVector
进口 方法,BiocGenericsIRangesXVectorBiostrings(> = 2.29.2),BiobaseRsamtoolsAnnotationDbi(> = 1.17.11),zlibbiocBSgenomeGenomicFeatures(> = 1.13.11),DBI跑龙套,rtracklayer
链接 IRangesXVectorBiostringsRsamtools
建议 RUnitBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneSNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109SIFT.Hsapiens.dbSNP132PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131snpStatsggplot2BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 ampliQuesocgdv17CNVrd2deepSNVensemblVEPPolyPhen.Hsapiens.dbSNP131SIFT.Hsapiens.dbSNP132VariantTools
进口我 customProDBFunciSNPggbioGGtoolsgmapRHTSeqGenieR453Plus1ToolboxSeqArrayVariantTools
建议我 GenomicRangesgmapRGWASToolsvtpnet
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 VariantAnnotation_1.8.13.tar.gz
Windows二进制 VariantAnnotation_1.8.13.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) VariantAnnotation_1.8.13.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/VariantAnnotation/tree/release-2.13
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
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