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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SRAdb。

从NCBI SRA编译的元数据和工具

Bioconductor版本:2.13

顺序读取存档(SRA)是最大的公共存储库测序数据从下一代测序平台包括罗氏454 GS系统,Illumina公司基因分析仪,应用生物系统公司固体系统,Helicos Heliscope,和其他人。然而,找到感兴趣的数据可以使用当前的工具是一个挑战。SRAdb试图访问元数据和提交有关,研究样本,实验和运行更可行。这是通过NCBI SRA的所有元数据解析为一个SQLite数据库,可以在本地存储和查询。全文搜索在包使查询元数据非常灵活和强大。fastq和sra文件可以下载在本地进行对齐。在ftp协议,SRAdb功能支持fastp协议(从粗线连接ascp)更快的下载的长距离大型数据文件。SQLite数据库定期更新为新数据添加到SRA和可以随意下载最新的元数据。

作者:杰克朱和肖恩·戴维斯

维护人员:杰克朱< zhujack在mail.nih.gov >

安装

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文档

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browseVignettes (“SRAdb”)

PDF	R脚本	使用SRAdb查询序列读取存档
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,HighThroughputSequencing,基础设施,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	RSQLite(> = 0.8 - 4),图,RCurl
进口	GEOquery
链接
建议	Rgraphviz
SystemRequirements
增强了
URL	http://gbnci.abcc.ncifcrf.gov/sra/
取决于我
进口我
建议我	甲状旁腺,parathyroidSE
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	SRAdb_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	SRAdb_1.16.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SRAdb_1.16.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/sradb/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SRAdb/
包下载报告	下载数据