要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ rsvsim”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的2.13版;对于稳定的最新版本,请参阅RSVSIM。
生物导体版本:2.13
RSVSIM是用于模拟删除,插入,倒置,串联功能和易位的任何基因组中的删除,插入,倒置,串联功能和易位的软件包,该基因组可作为fasta-file或bsgenome数据包可用。SV断点可以均匀地放置整个基因组,对重复区域和高同源性区域(用于HG19)或用户支持的坐标有偏见。
作者:克里斯托夫·巴滕哈根(Christoph Bartenhagen)
维护者:Christoph Bartenhagen
引用(从r内,输入引用(“ RSVSIM”)
):
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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ rsvsim”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ rsvsim”)
R脚本 | RSVSIM:用于模拟结构变化的R/生物导体包装 | |
参考手册 |
生物浏览 | 生物信息学,,,,高通量序列,,,,高通量序列数据,,,,软件 |
版本 | 1.2.1 |
在生物导体中 | Bioc 2.12(R-3.0)(3年) |
执照 | LGPL-3 |
要看 | r(> = 3.0.0),生物弦,,,,基因组机 |
进口 | 方法,iranges,,,,Shortread |
链接 | |
建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,大量的,,,,rtracklayer |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | rsvsim_1.2.1.tar.gz |
Windows二进制 | rsvsim_1.2.1.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | rsvsim_1.2.1.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/rsvsim/tree/release-2.13 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rsvsim/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |