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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Gviz。

策划沿着基因组坐标数据和注释信息

Bioconductor版本:2.13

基因组数据分析需要综合可视化已知的基因组信息和新的实验数据。Gviz使用biomaRt和rtracklayer包执行注释查询来运用和UCSC翻译这如基因/记录结构网格图形视窗的包。这导致基因组信息一起绘制数据。

Steffen Durinck哈恩(作者:Florian Hahne)罗伯特•Ivanek Arne穆勒,史蒂夫•Lianoglou Ge Tan <通用电气。在imperial.ac.uk tan09 >

维护人员:Florian Hahne <弗洛里安。在novartis.com hahne >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

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browseVignettes (“Gviz”)

PDF	R脚本	Gviz用户指南
PDF		ucsc1.pdf
PDF		ucsc2.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.10.0)、方法、网格
进口	IRanges(> = 1.19.5),XVector,rtracklayer(> = 1.15.5),晶格,RColorBrewer,biomaRt(> = 2.11.0),GenomicRanges(> = 1.7.14),AnnotationDbi(> = 1.17.11),Biobase(> = 2.15.3),BiocGenerics(> = 0.1.4),GenomicFeatures(> = 1.9.7),BSgenome(> = 1.25.1),Biostrings(> = 2.25.1),biovizBase(> = 1.5.7),Rsamtools(> = 1.11.1),latticeExtra-26年(> = 0.6)
链接
建议	xtable,GenomicFeatures,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,biomaRt,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	biomvRCNS,腰带
进口我	interactiveDisplay,methyAnalysis,平
建议我	gwascat,QuasR,SplicingGraphs
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	Gviz_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	Gviz_1.6.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Gviz_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/gviz/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Gviz/
包下载报告	下载数据