GenomicFeatures
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此包适用于Bioconductor 2.13版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicFeatures．
用于制作和操作以文本为中心的注释的工具
Bioconductor版本:2.13
一组用于制作和操作以文本为中心的注释的工具和方法。有了这些工具，用户可以从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(未来将支持更多来源)轻松下载给定生物体的转录本、外显子和cd的基因组位置。然后，这些信息被存储在一个本地数据库中，该数据库跟踪转录本、外显子、cd和基因之间的关系。提供了灵活的方法以方便的格式提取所需的特征。
作者:M. Carlson, H. Pages, P. Aboyoun, S. Falcon, M. Morgan, D. Sarkar, M. Lawrence
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内，输入引用(“GenomicFeatures”))：
安装
要安装这个包，启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“基因组特征”)
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“GenomicFeatures”)
细节
| biocViews |
注释，遗传学，HighThroughputSequencing，基础设施，软件 |
| 版本 |
1.14.5 |
| 在Bioconductor |
BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
BiocGenerics(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.17.13),GenomicRanges(> = 1.13.16),AnnotationDbi(> = 1.23.14) |
| 进口 |
方法,DBI(> = 0.2 5),RSQLite(> = 0.8 1),BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，Biostrings(> = 2.23.2),rtracklayer(> = 1.15.1),biomaRt(> = 2.17.1),RCurl跑龙套,Biobase(> = 2.15.1) |
| 链接 |
|
| 建议 |
rtracklayer，biomaRt，org.Mm.eg.db，Biostrings，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18(> = 1.3.14),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db，FDb.UCSC.tRNAs，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),Rsamtools，pasillaBamSubset(> = 0.0.5),seqnames.db，RUnit |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 全靠我 |
ChIPpeakAnno，exomePeak，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FDb.UCSC.snp135common.hg19，FDb.UCSC.snp137common.hg19，FDb.UCSC.tRNAs，ggtut，Homo.sapiens，Mus.musculus，OrganismDbi，Rattus.norvegicus，SplicingGraphs，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart10，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart12，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart14，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart16，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart19，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene |
| 进口我 |
AllelicImbalance，biovizBase，卡斯珀，ChIPpeakAnno，customProDB，FDb.FANTOM4.promoters.hg19，FDb.InfiniumMethylation.hg18，FDb.InfiniumMethylation.hg19，FDb.UCSC.snp135common.hg19，FDb.UCSC.snp137common.hg19，FDb.UCSC.tRNAs，geneLenDataBase，ggbio，gmapR，Gviz，Homo.sapiens，HTSeqGenie，光民，MEDIPS，methyAnalysis，Mus.musculus，QuasR，Rattus.norvegicus，SplicingGraphs，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart10，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart12，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart14，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart16，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart19，TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene，VariantAnnotation，VariantTools |
| 建议我 |
biomvRCNS，Biostrings，chipseq，DEXSeq，easyRNASeq，GenomicRanges，ggtut，Gviz，HTSeqGenie，ind1KG，海市蜃楼，parathyroidSE，RIPSeeker，Rsamtools，ShortRead |
| 构建报告 |
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包档案
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