安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ChIPpeakAnno”)

在大多数情况下,您不需要下载包存档。

ChIPpeakAnno

这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPpeakAnno

批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围。

Bioconductor版本:2.13

包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。2.0.5开始,添加了新的功能寻找峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP),总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)和添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包

作者:丽华朱莉·朱Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森Jianhong Ou,大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

从内部引用(R,回车引用(“ChIPpeakAnno”)):

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ChIPpeakAnno”)

文档

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PDF R脚本 ChIPpeakAnno装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,ChIPchip,ChIPseq,软件
版本 2.10.0
Bioconductor自 BioC 2.5 (r - 2.10)(6.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R(> = 2.10),网格,维恩图,BiocGenerics(> = 0.1.0),biomaRt,,IRanges,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,GO.db,org.Hs.eg.db,limma,GenomicFeatures
进口 gplots,BiocGenerics,biomaRt,,IRanges,Biostrings,BSgenome,GO.db,limma,AnnotationDbi,GenomicFeatures
链接
建议 reactome.db,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 ggtut,REDseq
进口我 FunciSNP,REDseq
建议我 ggtut,oneChannelGUI,RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源 ChIPpeakAnno_2.10.0.tar.gz
Windows二进制 ChIPpeakAnno_2.10.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) ChIPpeakAnno_2.10.0.tgz
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/bioconductor - mirror/chippeakanno/tree/release - 2.13
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网
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