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这个包是2.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPpeakAnno。

批处理注释的山峰从ChIP-seq标识,ChIP-chip实验或实验导致大量的染色体范围。

Bioconductor版本:2.13

包包含函数来检索在峰值序列,获得丰富基因本体论(去),找到最近的基因外显子,microrna的或自定义特性,比如大多数保守元素和其他转录因子结合位点由用户提供。2.0.5开始,添加了新的功能寻找峰值与双向启动子与汇总统计(peaksNearBDP),总结主题的发生在峰值(summarizePatternInPeaks)和添加其他IDs带注释的山峰或enrichedGO (addGeneIDs)。这个包利用biomaRt、IRanges Biostrings, BSgenome,走了。db,乘和统计包

作者:丽华朱莉·朱Herve页,克劳德Gazin,内森·劳森Jianhong Ou,大卫Lapointe西蒙•林和迈克尔·格林

维护人员:丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

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PDF	R脚本	ChIPpeakAnno装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ChIPchip,ChIPseq,软件
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 2.5 (r - 2.10)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 2.10),网格,维恩图,BiocGenerics(> = 0.1.0),biomaRt,乘,IRanges,Biostrings,BSgenome,BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805,GO.db,org.Hs.eg.db,limma,GenomicFeatures
进口	gplots,BiocGenerics,biomaRt,乘,IRanges,Biostrings,BSgenome,GO.db,limma,AnnotationDbi,GenomicFeatures
链接
建议	reactome.db,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	ggtut,REDseq
进口我	FunciSNP,REDseq
建议我	ggtut,oneChannelGUI,RIPSeeker
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ChIPpeakAnno_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_2.10.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ChIPpeakAnno_2.10.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/chippeakanno/tree/release - 2.13
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
包下载报告	下载数据