### R代码来自Vignette Source'Vignettes/tilingarray/inst/doc/plotalongchrom.rnw'################################################################# ###代码块数字1：负载#######################################################################################＃##代码块编号2：错误报告######################################################################################################segnf $“ 1.+” head（segnf $“ 1。+”@y）dim（segnf $“ 1。+”@y）head（segnf $“ 1。+”@x）长度（segnf $“ 1。+“@x）segnf $” 1。+“@loglik segnf $” 1。+“@nrsegments Head（segnf $” 1。+“@brekakpoints [[segnf $“ 1。+”@nrsegments]）################################代码块编号4：gffsub ####################################################### data（gffsub）头（GFF）子）############################################## ###代码块数字5：沿着Chromdot1 ############################################################ grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="dots", gff=gffSub) ################################################### ### code chunk number 6: alongChromDot2 ################################################### segObj = new.env(parent = baseenv()) nmLabel = colnames(segnf$"1.+"@y) lab = gsub("\\d","",nmLabel) for(nm in paste(1,c("+","-"),sep=".")){ s = get(nm,env = segnf) rpY = tapply(1:length(lab),lab,function(i)rowMeans(s@y[,i])) s@y = do.call(cbind,rpY) assign(nm,s,segObj) } grid.newpage() plotAlongChrom(segObj,chr=1, coord=c(35000,50000),what="dots", gff=gffSub,sepPlot = T) ################################################### ### code chunk number 7: alongChromHeatmap1 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap", gff=gffSub, rowNamesHeatmap=nmLabel,makeRasterImage=FALSE) ################################################### ### code chunk number 8: alongChromHeatmap2 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap", gff=gffSub, rowNamesHeatmap=nmLabel,makeRasterImage=TRUE) ################################################### ### code chunk number 9: alongChromHeatmap3 ################################################### grid.newpage() plotAlongChrom(segnf,chr=1, coord=c(35000,50000),what="heatmap", gff=gffSub, rowNamesHeatmap=nmLabel,makeRasterImage=TRUE, colHeatmap = colorRamp(brewer.pal(9, "Blues")))