1.21版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o GeneSetCollection重要用户可见变化,*,*,GOCollection-method方面evidenceCode和本体的变化在1.19版本中- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o UniprotIdentifier类变化在1.13版本中添加新特性- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -阿新特性解析子类别广泛的基因集。重要用户可见啊,一个特别的标识符替换Ruuid-based变化。1.5版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -用户可见的明显变化EntrezIdentifier o构造函数类,EnzymeIdentifier, GenenameIdentifier, RefseqIdentifier, SymbolIdentifier, UnigeneIdentifier现在可以接受一个“注释”的论点。这是用来表示注释包的标识符,例如,EntrezIdentifier (“hgu95av2.db”)表明hgu95av2 EntrezId是。db包。o GOCollection现在追踪本体以及evidenceCode。o添加ComputedCollection类来描述基因集集合产生的计算。o额外GeneSetCollection构造函数o添加OBOCollection类阅读鄂博基因集,包括函数来检索鄂博从互联网上收集(getOBOCollectoin)和转换OBOCollections graphNEL对象。o GeneSets由GOCollections需要与一个合适的(即geneIdType。,去标识符)映射,例如,geneIdType = EntrezIdentifier (“org.Hs.eg.db”)新功能o geneIdType < - - - mapIdentifiers现在可以任意两个标识符类型之间的映射在一个注释包中,例如,SymbolIdentifer (org.Hs.eg.db) GenenameIdentifier (org.Hs.eg.db) o解析修订广泛的基因集。o更广泛的信息,一些“展示”方法o mapIdentifiers方法添加到允许地图与用户提供的BUG修复AnnDbBimap对象o evidenceCodes更新到当前代码中定义的可用o GeneSetCollection, ExpressionSet,(包含| Prosite | Chrloc)收集方法现在正确导航底层注释和创建基因集集合o GeneSetCollection由命名列表可能错误地传播组的名字。 o Export MapCollection class o Mapping AnnotationIdentifer to AnnotationIdentifier failed due to incorrect method selection (start date: 9 February, 2008)