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此包适用于Bioconductor 2.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见phyloseq．

处理和分析高通量微生物种群普查数据。

Bioconductor版本:2.12

Phyloseq提供了一组类和工具来促进微生物组普查数据的导入、存储、分析和图形化显示。

作者:Paul J. McMurdie < McMurdie at standford.edu >， Susan Holmes < Susan at stat.standford.edu >，由Gregory Jordan和Scott Chamberlain提供

维护者:Paul J. McMurdie < McMurdie at stanford.edu>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

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文档

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browseVignettes(“phyloseq”)

PDF	R脚本	使用phyloseq分析例子
PDF	R脚本	使用phyloseq进行基本数据操作
PDF		phyloseq_classes_7.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，GeneticVariability，HighThroughputSequencing，MultipleComparisons，质量控制，软件
版本	1.4.5
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	AGPL-3
取决于	R(>= 2.15.2)，方法，ade4(> = 1.4.17),激情似火(> = 1.5.2)
进口	猿(> = 3.0.7),Biostrings(> = 2.26.3之前),foreach(> = 1.4),ggplot2(> = 0.9.3),igraph(> = 0.6.5.2),乘(> = 2.14),plyr(> = 1.8),重塑(> = 0.8.4),RJSONIO(> = 1.0.1),尺度(> = 0.2.3),素食主义者(> = 2.0.6)
链接
建议	genefilter(> = 1.40),testthat(> = 0.7)
SystemRequirements
增强了	doParallel(> = 1.0.1)
URL	http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0061217
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	phyloseq_1.4.5.tar.gz
Windows二进制	phyloseq_1.4.5.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	phyloseq_1.4.5.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/phyloseq/tree/release-2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/phyloseq/
软件包下载报告	下载数据