# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ggbio”)

这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ggbio。

基因组数据的可视化工具。

Bioconductor版本:2.12

ggbio包扩展和专门的图形语法生物数据。图形是为了回答常见的科学问题,特别是那些经常问的高通量基因组学数据。支持所有核心Bioconductor数据结构,在适当的地方。包支持详细视图的特定基因组区域,以及全基因组概述。支持概述包括表意文字和大线性观点。高级阴谋包括序列片段长度,edge-linked间隔数据视图,不匹配的连环相撞,和几个拼接总结。

作者:腾飞阴,Dianne厨师,迈克尔·劳伦斯

维护人员:腾飞阴< yintengfei gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ggbio”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ggbio”)

PDF	R脚本	0部分:介绍和快速启动
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学,基础设施,软件,可视化
版本	1.8.8
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,ggplot2(> = 0.9.2)
进口	方法,biovizBase(> = 1.7.8),reshape2,gtable,ggplot2(> = 0.9.2),BiocGenerics,Biobase,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,Rsamtools,BSgenome,gridExtra,尺度,plyr,VariantAnnotation,Hmisc,rtracklayer
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,affyPLM,chipseq,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://tengfei.github.com/ggbio/
取决于我
进口我	ReportingTools
建议我	gwascat,ReportingTools
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ggbio_1.8.8.tar.gz
Windows二进制	ggbio_1.8.8.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ggbio_1.8.8.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/ggbio/tree/release - 2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ggbio/
包下载报告	下载数据