要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“flowWorkspace”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
此包适用于Bioconductor 2.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见flowWorkspace.
Bioconductor版本:2.12
这个包的设计是为了方便比较自动门控方法和在flowJo中进行的手动门控方法。这个包允许您将基本的flowJo工作区导入到BioConductor中,并使用flowCore功能从flowJo复制门控。将执行门控层次结构、样本组、补偿和转换,以便输出与flowJo分析匹配。
作者:Greg Finak, Mike Jiang, Mose Andre
维护者:Greg Finak
引文(从R内,输入引用(“flowWorkspace”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“flowWorkspace”)
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“flowWorkspace”)
R脚本 | 将flowJo工作区导入R | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,预处理,软件 |
版本 | 1.6.1 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(4.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.16.0),Rcpp(> = 0.9.9),开罗,BiocGenerics、方法、RBGL,图,XML,flowCore(> = 1.25.9),flowViz(> = 1.23.1),Biobase,IDPmisc、工具、hexbin,gridExtra,Rgraphviz,ncdfFlow(> = 1.5.19) |
进口 | Biobase,XML,flowCore,图、图形、晶格,方法,统计,统计s4, utils |
链接 | Rcpp,ncdfFlow |
建议 | testthat,flowWorkspaceData |
SystemRequirements | |
增强了 | 多核,Rmpi |
URL | |
全靠我 | flowStats,限定符 |
进口我 | 限定符 |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
包的来源 | flowWorkspace_1.6.1.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | flowWorkspace_1.6.1.tgz |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/flowWorkspace/tree/release-2.12 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/flowWorkspace/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |