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这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dexus。

DEXUS——确定微分表达式RNA-Seq研究未知条件或没有复制

Bioconductor版本:2.12

DEXUS RNA-Seq数据中识别差异表达基因在所有可能的研究设计,比如研究没有复制,没有样本组,和未知的条件。DEXUS作品也为已知条件,例如RNA-Seq数据与两个或多个条件。RNA-Seq读计数数据可以提供S4类计数数据集和阅读数矩阵。差异表达成绩单可以可视化的热图,未知的条件下,复制和样品组也表示。这个软件是快速自核心算法是非常大的数据集,用c语言编写的并行版本DEXUS在这个包中提供。DEXUS选择是一种统计模型,在贝叶斯框架由一个EM算法。DEXUS不需要复制检测差异表达成绩单、自复制(或条件)估计的EM方法为每一个记录。该方法提供了一个信息/欠值提取差异表达记录在一个预期的显著性水平或权力。

作者:京特·Klambauer

维护人员:京特·Klambauer < Klambauer在bioinf.jku.at >

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PDF	R脚本	dexus:手动R包
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学,CellBiology,分类,DifferentialExpression,GeneExpression,人类基因组单体型图,HighThroughputSequencing,HighTroughputSequencingData,Homo_sapiens,Macaca_mulatta,Mus_musculus,Pan_troglodytes,质量控制,RNAExpressionData,RNASeq,RNAseqData,测序,软件,Zea_Mays
版本	1.0.2中
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(3年)
许可证	LGPL (> = 2.0)
取决于	R(> = 2.15),方法,BiocGenerics
进口
链接
建议	平行,statmod统计数据,DESeq,RColorBrewer
SystemRequirements
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包档案

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包的来源	dexus_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	dexus_1.0.2.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	dexus_1.0.2.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/dexus/tree/release - 2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dexus/
包下载报告	下载数据