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此包适用于Bioconductor 2.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见deepSNV．

深度测序实验中亚克隆snv的检测。

Bioconductor版本:2.12

该包提供了一个定量变体调用器，用于检测超深(>=100x覆盖)测序实验中的亚克隆突变。它假设与相同位点的对照实验和β -二项式模型进行比较，以区分测序错误和亚克隆snv。

作者:Moritz gersting和Niko Beerenwinkel

维护者:Moritz gersting < Moritz。gersting在sanger.ac.uk>

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持来源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“deepSNV”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“deepSNV”)

PDF	R脚本	在深度测序实验中检测低频变异的R包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneticVariability，遗传学，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.13.0)，Rsamtools(> = 3),GenomicRanges，IRanges，Biostrings，VGAM、方法、图形
进口	Rsamtools
链接	Rsamtools
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cbg.ethz.ch/software/deepSNV
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	deepSNV_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.6.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	deepSNV_1.6.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/deepSNV/tree/release-2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepSNV/
软件包下载报告	下载数据