要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ charm”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的2.12版;对于稳定的最新版本,请参阅魅力。
生物导体版本:2.12
该软件包实现了使用Nimblegen微阵列和MCRBC协议生成的DNA甲基化数据的分析工具。它发现样品之间差异化甲基化区域,计算甲基化百分比,并包括阵列质量评估工具。
作者:马丁·阿里(Martin Aryee),彼得·穆拉卡米(Peter Murakami),哈里斯·贾菲(Harris Jaffee)
维护者:peter Murakami
引用(从r内,输入引用(“魅力”)
):
要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ charm”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“魅力”)
R脚本 | 魅力小插图 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 生物信息学,,,,DNAMETHYLATY,,,,微阵列,,,,软件 |
版本 | 2.6.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.6(R-2.11)(6年) |
执照 | LGPL(> = 2) |
要看 | r(> = 2.14.0),生物酶,,,,SQN,,,,字段,,,,rcolorbrewer,,,,GeneFilter |
进口 | BSGENOME,,,,生物酶,,,,奥利戈(> = 1.11.31),寡群(> = 1.17.39),ff,,,,预处理,方法,统计,生物弦,,,,iranges,,,,siggenes,,,,NOR1MIX,,,,gtools,grdevices,图形,utils,林玛, 平行,SVA(> = 3.1.2) |
链接 | |
建议 | Charmdata,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg18,,,,公司 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | Charmdata |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | charm_2.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | charm_2.6.0.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | charm_2.6.0.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/charm/tree/release-2.12 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/charm/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |