要安装此软件包,请启动R并输入:
##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ annmap”)
在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。
该软件包适用于生物导体的2.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Annmap。
生物导体版本:2.12
AnnMap提供了Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询的注释映射,以支持深层测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面,该功能提供了一组函数,例如GenesInrange(),Genetoexon(),Exondetails()等。还提供了用于绘制基因体系结构和BAM文件数据的功能。基础数据来自Ensembl。
作者:蒂姆·耶茨(Tim Yates)
维护者:蒂姆·耶茨(Tim Yates)
引用(从r内,输入引用(“ Annmap”)
):
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##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ annmap”)
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ AnnMap”)
R脚本 | ANNMAP安装指令 | |
R脚本 | Annmap底漆 | |
R脚本 | Annmap食谱 | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 注解,,,,生物信息学,,,,微阵列,,,,Onechannel,,,,报告写作,,,,软件,,,,转录,,,,可视化 |
版本 | 1.2.1 |
在生物导体中 | Bioc 2.11(R-2.15)(3。5年) |
执照 | GPL-2 |
要看 | R(> = 2.15.0),方法,基因组机 |
进口 | DBI,,,,rmysql(> = 0.6-0),消化,,,,生物酶, 网格,格子,,,,rsamtools,,,,GeneFilter,,,,iranges,,,,生物基因 |
链接 | |
建议 | 运行,,,,rjson |
系统要求 | |
增强 | |
URL | http://annmap.picr.man.ac.uk |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
包源 | annmap_1.2.1.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.6(雪豹) | annmap_1.2.1.tgz |
颠覆源 | (用户名/密码:ReadOnly) |
git源 | https://github.com/bioconductor-mirror/annmap/tree/release-2.12 |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/annmap/ |
软件包下载报告 | 下载统计 |