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这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SplicingGraphs。

创建、操作、可视化拼接图,并分配RNA-seq读取

Bioconductor版本:2.12

这个包允许用户创建、操作和可视化拼接图及其泡沫基于基因模型对于一个给定的有机体。此外它允许用户指定RNA-seq读取一组的边缘拼接图,以不同的方式,并总结他们。

作者:d . Bindreither m·卡尔森·m·摩根,h .页面

维修工:h .页< hpages fhcrc.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“SplicingGraphs”)

文档

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browseVignettes (“SplicingGraphs”)

PDF	R脚本	拼接图和RNA-seq数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,DataRepresentation,GeneExpression,遗传学,RNAseq,测序,软件,可视化
版本	1.0.4
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	BiocGenerics,IRanges(> = 1.17.43),GenomicRanges(> = 1.11.45),GenomicFeatures,Rgraphviz(> = 2.3.7)
进口	方法,跑龙套,igraph,BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,图,Rgraphviz
链接
建议	igraph,Gviz,Rsamtools,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	SplicingGraphs_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	SplicingGraphs_1.0.4.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	SplicingGraphs_1.0.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/splicinggraphs/tree/release - 2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs/
包下载报告	下载数据