# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“Rsamtools”)

这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rsamtools。

二进制对齐(BAM),变体叫(供应量),或tabix文件导入

Bioconductor版本:2.12

这个包提供了一个接口“samtools”,“bcftools”,和“tabix”实用程序(见许可证)操纵山姆(序列比对/地图),二进制变量调用(供应量)和压缩索引一样(tabix)文件。

作者:马丁·摩根Herv \ ' e Pag \ ' es

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“Rsamtools”)

文档

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browseVignettes (“Rsamtools”)

PDF	R脚本	介绍Rsamtools
PDF	R脚本	使用samtools C库
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,HighThroughputSequencing,测序,软件
版本	1.12.4
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0 +文件许可
取决于	方法,IRanges(> = 1.15.35),GenomicRanges(> = 1.11.38),Biostrings(> = 2.25.6)
进口	方法,跑龙套,IRanges,GenomicRanges,Biostrings,zlibbioc,bitops,BiocGenerics(> = 0.1.3)
链接	Biostrings,IRanges
建议	ShortRead(> = 1.13.19),GenomicFeatures,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,KEGG.db,pasillaBamSubset,RUnit,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/Rsamtools.html
取决于我	ArrayExpressHTS,BitSeq,卡斯珀,嵌合体,deepSNV,easyRNASeq,EDASeq,exomeCopy,GGtools,ggtut,girafe,leeBamViews,MMDiff,oneChannelGUI,prebs,qrqc,r3Cseq,Rcade,ReQON,RIPSeeker,RNASeqDataSubset,rnaSeqMap,ShortRead,TBX20BamSubset,TEQC,VariantAnnotation
进口我	annmap,ArrayExpressHTS,biovizBase,篮球选手,cn.mops,deepSNV,DEXSeq,FunciSNP,ggbio,gmapR,Gviz,HTSeqGenie,LungCancerLines,MEDIPS,图片,QuasR,R453Plus1Toolbox,rtracklayer,ShortRead,TransView,VariantAnnotation,VariantTools
建议我	AnnotationHub,biomvRCNS,DiffBind,GenomicFeatures,GenomicRanges,ind1KG,parathyroidSE,QuasR,R453Plus1Toolbox,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RnaSeqTutorial,seqbias,SplicingGraphs,拖缆
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	Rsamtools_1.12.4.tar.gz
Windows二进制	Rsamtools_1.12.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	Rsamtools_1.12.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/rsamtools/tree/release - 2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rsamtools/
包下载报告	下载数据