# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“ReactomePA”)

这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ReactomePA。

Reactome途径分析

Bioconductor版本:2.12

这个包提供了路径分析功能基于REACTOME通路数据库。它将实现富集分析,基因集富集分析和功能模块检测。

作者:Guangchuang Yu < guangchuangyu gmail.com >

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R和输入:

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文档

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browseVignettes (“ReactomePA”)

PDF	R脚本	介绍ReactomePA
PDF		cnetplot.pdf
PDF		rPAclusterProfiler.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学,通路,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 2.10 (r - 2.15)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 2.10),剂量
进口	方法,AnnotationDbi,reactome.db,org.Hs.eg.dbstats4,plyr,igraph,qvalue、图形
链接
建议	clusterProfiler,GOSemSim,org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	clusterProfiler,剂量
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	ReactomePA_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ReactomePA_1.4.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	ReactomePA_1.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/reactomepa/tree/release - 2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomePA/
包下载报告	下载数据