# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“PWMEnrich”)

这个包是2.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PWMEnrich。

PWM富集分析

Bioconductor版本:2.12

驴的浓缩已知pwm (JASPAR和MotifDb)的DNA序列。包实现了多种算法,包括固定阈值(z分数)和threshold-free(对数正态标准化和三叶草)方法。这些可以应用于一个序列(如感兴趣的增强剂)或一组序列(例如,一组ChIP-chip / seq山峰)。输出pwm的排名列表根据他们的水平的浓缩与基因组背景。自定义组pwm和基因组背景也支持。

作者:罗伯特•Stojnic迭戈Diez的贡献

维护人员:罗伯特Stojnic <罗伯特。在gmail.com stojnic >

安装

安装这个包,开始R和输入:

# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“PWMEnrich”)

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PWMEnrich”)

PDF	R脚本	“PWMEnrich”包的概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	生物信息学,GenomicSequence,SequenceMatching,软件
版本	2.2.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法、网格BiocGenerics,Biostrings
进口	seqLogo,gdata,evd
链接
建议	MotifDb,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3,PWMEnrich.Dmelanogaster.background,testthat,gtools、并行
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	PWMEnrich.Dmelanogaster.background
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	PWMEnrich_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	PWMEnrich_2.2.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	PWMEnrich_2.2.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/pwmenrich/tree/release - 2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PWMEnrich/
包下载报告	下载数据