##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“窄峰”)

此包适用于Bioconductor 2.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见NarrowPeaks．

利用功能PCA统计分析ChIP-seq的变异

Bioconductor版本:2.12

该软件包的双重目标是应用功能版本的主成分分析(FPCA):(1)通过对一组选定的候选富集区域应用FPCA，以摆动轨道格式(WIG)处理ChIP-seq寻峰器通常产生的数据。这样做是为了缩短基因组位置，占浓缩分数档案之间的变异的给定比例。“窄峰”功能允许用户区分彼此接近的结合区域，并缩小假定的转录因子结合位点的长度，同时保留数据集可变性中的信息并捕获主要变异源。(2)当需要比较多个ChIP-seq样本时，分析差异变异。函数'narrowpeaksDiff'量化了标记富集之间的差异，并对FPC分数使用非参数检验来测试条件之间的差异。

作者:Pedro Madrigal ，由Pawel Krajewski 贡献

维护者:Pedro Madrigal

安装

要安装这个包，启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“窄峰”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NarrowPeaks”)

PDF	R脚本	样本内变异性:在单个实验中分裂和缩小ChIP-seq峰值。
PDF	R脚本	小插图2。样本间变异:分析ChIP-seq样本差异结合的变异。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPseq，遗传学，软件，转录，可视化
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，样条
进口	GenomicRanges，IRanges，食品及药物管理局，CSAR
链接
建议	rtracklayer，GenomicRanges，CSAR
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	NarrowPeaks_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	NarrowPeaks_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	NarrowPeaks_1.4.0.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/NarrowPeaks/tree/release-2.12
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NarrowPeaks/
软件包下载报告	下载数据