安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“tilingArray”)
在大多数情况下,您不需要下载包存档。
这个包是2.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tilingArray。
Bioconductor版本:2.11
包提供的功能,可用于高密度花砖微阵列数据的分析(如从Affymetrix genechips)测量转录丰度和建筑。包装的主要功能是:1。类“分割”代表分划的一系列线性的数据;2。函数的段拟合分段常数模型使用动态编程算法,既快速又准确的;3所示。函数计算置信区间的confint使用strucchange包;4所示。函数的plotAlongChrom生成漂亮的情节;5。 the function 'normalizeByReference' for probe-sequence dependent response adjustment from a (set of) reference hybridizations.
作者:沃尔夫冈•休伯(Xu Joern Toedling马特·里奇的贡献
(维护人员:徐在ebi.ac.uk > (<)
从内部引用(R,回车引用(“tilingArray”)
):
安装这个包,开始R和输入:
# #试试http://如果https:// url不支持源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) biocLite (“tilingArray”)
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“tilingArray”)
R脚本 | 介绍plotAlongChrom函数 | |
R脚本 | 介绍使用分段函数以适应分段常数曲线 | |
R脚本 | 与normalizeByReference功能正常化tilingArray包 | |
R脚本 | 分割演示 | |
R脚本 | 补充。计算成本的矩阵 | |
参考手册 |
biocViews | 微阵列,OneChannel,预处理,软件,可视化 |
版本 | 1.36.0 |
Bioconductor自 | BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 11年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 2.11.0),Biobase、方法、象图 |
进口 | strucchange,affy,vsn,genefilter,RColorBrewer、网格stats4 |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | ADaCGH2,davidTiling |
进口我 | snapCGH |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
包的来源 | tilingArray_1.36.0.tar.gz |
Windows二进制 | tilingArray_1.36.0.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard) | |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/bioconductor - mirror/tilingarray/tree/release - 2.11 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/tilingArray/ |
包下载报告 | 下载数据 |