要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“methylumi”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。

methylumi

此包适用于Bioconductor 2.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见methylumi

处理Illumina甲基化数据

Bioconductor版本:2.11

这个包提供了保存和操作Illumina甲基化数据的类。基于eSet,它可以包含MIAME信息、样本信息、特征信息以及多个数据矩阵。作为一个“智能”导入函数,methylumiR可以读取Illumina文本文件并创建MethyLumiSet。methylumIDAT可以直接从HumanMethylation27和HumanMethylation450微阵列读取原始IDAT文件。还包括GoldenGate, Infinium和Infinium HD阵列的归一化,背景校正和质量控制功能。

作者:Sean Davis, Pan Du, Sven Bilke, Tim Triche, Jr, Moiz Bootwalla

维护者:Sean Davis

引文(从R内,输入引用(“methylumi”)):

安装

要安装这个包,启动R并输入:

##尝试http://如果https:// url不支持source(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”)biocLite(“methylumi”)

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“methylumi”)

PDF R脚本 methylumi包的介绍
PDF 参考手册
文本 自述

细节

biocViews CpGIslandDNAMethylation预处理质量控制软件TwoChannel
版本 测试盒框
在Bioconductor BioC 2.5 (R-2.10)(6.5年)
许可证 GPL-2
取决于 Biobase,方法,R (>= 2.13),尺度reshape2ggplot2
进口 Biobase、图形、晶格注释genefilterAnnotationDbistats4,BiocGenerics
链接
建议 光民晶格limmaxtableIlluminaHumanMethylation27k.db(> = 1.4.4),IlluminaHumanMethylation450k.dbSQN质量matrixStats、并行
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 ffpe光民methyAnalysis
建议我 IlluminaHumanMethylation450k.db
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

包的来源 methylumi_2.4.0.tar.gz
Windows二进制 methylumi_2.4.0.zip
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源 (用户名/密码:只读的)
Git源代码 https://github.com/Bioconductor-mirror/methylumi/tree/release-2.11
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/methylumi/
软件包下载报告 下载数据

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Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网
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