要安装这个包,启动R并输入:
## #尝试http://如果https:// url不支持来源("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("gene2pathway")
在大多数情况下,您根本不需要下载包存档。
这个包是Bioconductor的2.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参阅gene2pathway。
Bioconductor版本:2.11
该软件包包含一个基因列表,并预测每个基因对应的KEGG通路。这是通过观察每个基因的互作用域来实现的。每个预测都有一个可信度评分。该软件包还可以预测信号通路中基因的连接成分。KEGG支持的每种生物的单独模型可以训练。
作者:Holger Froehlich
维护程序:Holger Froehlich
引用(从R中,输入引用(“gene2pathway”)
):
要安装这个包,启动R并输入:
## #尝试http://如果https:// url不支持来源("//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R") biocLite("gene2pathway")
要查看系统中安装的这个包的版本文档,启动R并输入:
browseVignettes(“gene2pathway”)
R脚本 | gene2pathway | |
参考手册 |
biocViews | 分类,GraphsAndNetworks,微阵列,NetworkEnrichment,通路,软件 |
版本 | 2.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.4 (R-2.9)(7年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 2.10.0),kernlab(> = 0.9),biomaRt(> = 1.12.1),KEGGSOAP(> = 1.12.0),RBGL,AnnotationDbi,org.Dm.eg.db,keggorthology(> = 2.0) |
进口 | SSOAP,RCurl |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | doMC |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在你的R会话中使用这个包的说明。
包的来源 | gene2pathway_2.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | gene2pathway_2.12.0.zip |
Mac OS X 10.6(雪豹) | |
Subversion源 | (用户名/密码:只读的) |
Git源代码 | https://github.com/Bioconductor-mirror/gene2pathway/tree/release-2.11 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gene2pathway/ |
包下载报告 | 下载数据 |