要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ crlmm”)

在大多数情况下,您根本不需要下载包装存档。

crlmm

此软件包适用于生物导体的2.11版;对于稳定的最新版本,请参阅crlmm

Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型调用(CRLMM)和复制号分析工具。

生物导体版本:2.11

更快地实现了针对SNP 5.0和6.0阵列的CRLMM,以及特定于5.0、6.0和Illumina平台的复制号工具

作者:Benilton S Carvalho,Robert Scharpf,Matt Ritchie,Ingo Ruczinski,Rafael A Irizarry

维护人员:benilton s carvalho ,Robert Scharpf ,Matt Ritchie

引用(从r内,输入引用(“ crlmm”)):

安装

要安装此软件包,请启动R并输入:

##尝试http://如果不支持https:// url不支持源(“ //www.anjoumacpherson.com/bioclite.r”)bioclite(“ crlmm”)

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ crlmm”)

PDF R脚本 拷贝数估计
PDF R脚本 CRLMM小插图 - 下游分析
PDF R脚本 CRLMM小插图 - 基因分型
PDF R脚本 用于副本编号分析的基础架构
PDF R脚本 复制号码vignettes的概述
PDF R脚本 用于副本编号分析的预处理和基因分型阵列
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 生物信息学,,,,库务,,,,微阵列,,,,预处理,,,,SNP,,,,软件
版本 1.16.9
在生物导体中 Bioc 2.4(R-2.9)(7年)
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.14.0),寡群(> = 1.19.39),预处理(> = 1.17.7)
进口 方法,生物酶(> = 2.15.4),生物基因,,,,affyio(> = 1.23.2),椭圆,,,,GeneFilter(> = 1.37.1),mvtnorm,花键,统计,Snpchip,utils,格子,,,,ff,,,,foreach,,,,rcppeigen
链接 预处理(> = 1.17.7)
建议 hapmapsnp6,,,,Genomewidenp6crlmm(> = 1.0.4),ggdata,,,,snpstats,,,,椭圆,,,,运行
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 Minfi,,,,香草
建议我 hapmap370k,,,,寡群,,,,Snpchip
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

包源 crlmm_1.16.9.tar.gz
Windows二进制 crlmm_1.16.9.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.6(雪豹)
颠覆源 (用户名/密码:ReadOnly)
git源 https://github.com/bioconductor-mirror/crlmm/tree/release-2.11
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/crlmm/
软件包下载报告 下载统计

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生物导体

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  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网
弗雷德·哈钦森癌症研究中心