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这个包是2.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantAnnotation。

注释的基因变异

Bioconductor版本:2.11

注释变异对位置和氨基酸的编码

作者:瓦莱丽•Obenchain马丁·摩根,迈克尔·劳伦斯

维护人员:瓦莱丽Obenchain < vobencha fhcrc.org >

安装

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PDF	R脚本	介绍VariantAnnotation
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,HighThroughputSequencing,Homo_sapiens,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.4.12
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.8.0)、方法GenomicRanges(> = 1.9.56),Rsamtools(> = 1.9.4),IRanges(> = 1.15.48)
进口	方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),IRanges,Biobase(> = 2.15.1),Rsamtools(> = 1.9.4),AnnotationDbi(> = 1.17.11),Biostrings(> = 2.25.2),zlibbioc,BSgenome,GenomicFeatures(> = 1.9.35),DBI
链接	IRanges,Biostrings,Rsamtools
建议	RUnit,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,snpStats
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	cgdv17,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,VariantTools
进口我	FunciSNP,ggbio,GGtools,gmapR,R453Plus1Toolbox,VariantTools
建议我	GenomicRanges,gmapR,GWASTools
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

包的来源	VariantAnnotation_1.4.12.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.4.12.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/bioconductor - mirror/variantannotation/tree/release - 2.11
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
包下载报告	下载数据